Le nom fait référence au fleuve Amazone. C’est une métaphore  évoquant la puissance et le côté « inépuisable » du site (et les flots d’argent qu’il devait rapporter).
A l’origine, Jeff Bezos, le créateur en 1994, aurait préféré « Bookstore.com » mais le nom était déjà pris.
Le site a également gagné un procès intenté par la librairie « Amazon », spécialisée dans les ouvrages « lesbiens » (en référence aux femmes soldats grecques).